16 Jahre lang hatte Mareile Flitsch eine Professur für Ethnologie am ISEK, Universität Zürich, inne und leitete als Direktorin das Völkerkundemuseum UZH. Ende Januar 2025 wird sie emeritiert.
Ihre Abschiedsvorlesung am 5. Dezember 2024 trug den Titel «Der Menschen Pfiffigkeit. Abschliessende Überlegungen aus einer Ethnologie der Könnerschaft». Mareile Flitsch schloss damit den Kreis zu ihrer Antrittsvorlesung am 2. April 2009 «Des Menschen Fertigkeit. Ethnologische Perspektiven einer neuen Wertschätzung praktischen Wissens». Sie gab nochmals Einblick in ihre innovative ethnologische Forschung im Bereich der materiellen Kultur, die wichtige Beiträge geleistet hat zu heutigen Selbstverständlichkeiten in der Technikethnologie.
Von 2019 bis 2024 war Mareile Flitsch Präsidentin der Museumskommission der Schweizer Ethnologischen Gesellschaft.